故事背景在剧场版《苍穹之法芙娜 HEAVEN AND EARTH》的2年后，由于与来主操的邂逅，龙宫岛获得了与Mir对话的手段，这也给岛带来了可能性。阿尔维斯的孩子们一边进行战斗的准备，一边摸索着理解敌人的方法。2年后的现在，龙宫岛获得了更进一步的进化，理解Festum语言的少女与被Festum所守护的少女，当两人相遇之时，新世界的门将打开……

　　成为女王的梦想、将来的梦想，都不想放弃！将一生赌在这一瞬间上——                                     　　高中2年级的夏天，千早所在的歌留多部与新入部员一同在全国大赛中出场。在团体战中击败了常胜校·富士崎高中，瑞泽高中获得期待已久的初次优胜，而个人战中太一和新也获得了B级和A级的优胜。千早在团体战中受伤的右指的手术也顺利结束，和太一一起参加了富士崎高中的夏季合宿。对顾问樱泽老师的斯巴达指导毫不在意，以名人·女王战为目标努力练习，但就在此时，他们得知了让出场变得危险的某个事实……另一方面，新了解到拥有团队可以扩展歌留多的可能性，于是他开始准备创立歌留多部.新的对手登场，今后的出路，成为女王的梦想……纯正的高中生一心一意的心念和热情满溢而出的第3期开幕！                         

　　日本著名造船公司八代商船设计制造了旗下第一艘豪华邮轮爱芙罗黛谛号，为庆祝该邮轮的处女航，八代商船邀请各界名流参加，上到首相下到富豪悉数前来。铃木园子的父母也接到邀请，因行程安排铃木夫妇无法出席，园子于是邀请、毛利小五郎、小兰、柯南等一众好友同行。蓝天白云，美酒佳肴，众人无不陶醉于这美好的假期之中。　　但是，这注定是一次不寻常的航行。先是园子突然遭人绑架，接着八代商船的女社长贵江被人杀害，与此同时董事长八代延太郎也从船上神秘失踪。此前不久，贵江的丈夫八代英人驾车时突发心脏病冲下山崖。这一连串死亡、失踪案件似乎都与15年前八代商船的沉船事故有关。在层层推理调查之下，隐藏的秘密渐渐浮出水面……

Pocket Monster，简称为宝可梦Pokemon。

　　即将升上初中二年级的朝日奈未来，在春假的某天晚上，看到一神秘物体从天落入附近的公园里。“难道是魔法使？”，兴奋的未来第二天一早就和自小就喜爱着的绒毛玩具熊“毛芙伦”一起向公园前进。结果在那里看到的是……骑着扫帚漂浮在空中的女孩……自称是理子的那个女孩子，竟然是魔法使。　　未来对魔法使非常感兴趣，对理子问东问西的。理子好像是为寻找“某物”而来到未来居住的世界。此外，仔细一看，她们两人带着同样的吊坠…。　　就在此时，暗之魔法使•多库罗克希的部下巴提在两人面前出现。他逼迫理子交出“波纹翡翠”（リンクルストーン・エメラルド，Wrinkle Stone Emerald），但是理子好像也在寻找“波纹翡翠”……　　当被巴提的黑暗魔法所诞生的怪物欲望怪逼入绝境时……未来和理子、还有毛芙伦手牵着手，不断地喊出魔法的咒文“Cure Up・Rapapa! ”，吊坠突然发出了光辉。　　于是，传说的魔法使“光之美少女”就此诞生。

成为女王的梦想、将来的梦想，都不想放弃！将一生赌在这一瞬间上——　　高中2年级的夏天，千早所在的歌留多部与新入部员一同在全国大赛中出场。在团体战中击败了常胜校·富士崎高中，瑞泽高中获得期待已久的初次优胜，而个人战中太一和新也获得了B级和A级的优胜。千早在团体战中受伤的右指的手术也顺利结束，和太一一起参加了富士崎高中的夏季合宿。对顾问樱泽老师的斯巴达指导毫不在意，以名人·女王战为目标努力练习，但就在此时，他们得知了让出场变得危险的某个事实……另一方面，新了解到拥有团队可以扩展歌留多的可能性，于是他开始准备创立歌留多部.新的对手登场，今后的出路，成为女王的梦想……纯正的高中生一心一意的心念和热情满溢而出的第3期开幕！

西元1999年，一顆不明的巨大「流星」墜落在地球上。之後調查證實這其實是一艘外星人的宇宙船，之後世界的某些強國為了將其修復並彌補墜落時對地球環境所造成的破壞（還得掩蓋掉這個外星船墜落的事實），而組成了統合政府。並由地球統合軍將其改造成為全長1200公尺的超大型主力戰艦，命名為「馬克羅斯」（MACROSS，德文「大宇宙」之意）。其間人類卻也歷經統合派與反統合派國家陣營的分裂，在綿延的爭戰中馬克羅斯的改修則仍然持續著。直到10年後，在馬克羅斯舉行正式起用下水典禮的當天，在月球軌道附近突然發現有大規模的時空跳躍反應。而此時馬客羅斯艦上的主炮竟自動發射，並擊中在月球出現的外星艦隊觀測艦！事已至如此頓時成了趕鴨子上架，不把對方惹毛才是怪事……於是統合軍只好展開接戰，並讓馬克羅斯升空啟航，以轉移敵方注意。青年一條輝陰錯陽差的坐上了統合軍的戰機捲入戰鬥，並救起了一位名叫林明美的少女，且與艦上女軍官早賴未沙的不吵不相識……被稱為「第一次宇宙大戰」的這場人類對異星人的戰爭就此揭開了序幕。而圍繞在輝、明美與未沙之間的感情糾葛，卻也開始介入了戰事的發展之中，甚而成為主導後來歷史走向的契機……

Pocket Monster，简称为宝可梦Pokemon。